ปี พ.ศ. ๒๕๓๘ วิทยาลัยครูเดิมได้ถูกยกฐานะเป็นสถาบันราชภัฏ ตามนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษาเพื่อรองรับการผลิตบัณฑิตคุณวุฒิอื่นๆ นอกเหนือจากการผลิตบุคลากรทางการศึกษาเพียงอย่างเดียว ผลจากนโยบายดังกล่าวส่งผลให้สถาบันราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา มีโครงการจัดตั้งคณะวิชาขึ้น ๔ คณะ ได้แก่ คณะวิทยาการจัดการ คณะครุศาสตร์ คณะมนุษย์ศาสตร์ และคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดยศาสตร์ทางด้านของเทคโนโลยีอุตสาหกรรมและวิศวกรรมได้ถูกรวมอยู่ภายใต้คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ซึ่งมีโครงสร้างการบริหารงานระดับภาควิชาแบ่งออกเป็น ๒ ภาควิชา คือ ภาควิชาวิทยาศาสตร์และภาควิชาวิทยาศาสตร์ประยุกต์ จากพันธกิจของการพัฒนาประเทศ ฉบับที่ ๑ – ๑๑ กระบวนการพัฒนาส่วนใหญ่ได้เน้นเกี่ยวกับเรื่องการพัฒนาเศรษฐกิจเป็นหลักโดยมุ่งที่การพัฒนาอุตสาหกรรมและเทคโนโลยี และแผนพัฒนาเศรษฐกิจแห่งชาติ ฉบับที่ ๑๒ ที่มุ่งประเด็นการพัฒนาภายใต้ความท้าทายหลังวิกฤติเศรษฐกิจ ทำให้มีการพัฒนาหลักสูตรเพิ่มในสายของเทคโนโลยีอุตสาหกรรมและวิศวกรรมศาสตร์ขึ้นเป็นจำนวนมาก นับแต่ปี ๒๕๕๒
โดยการพัฒนาหลักสูตรหลายๆ หลักสูตรที่มุ่งเน้นการผลิตบัณฑิตที่ตอบสนองความต้องการทางภาคอุตสาหกรรม และการสร้างนวัตกรรมสมัยใหม่ โดยดำเนินการจัดการเรียนการสอนภายใต้ชื่อคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีนั้น พบว่าช่วงระยะเวลาที่ผ่านมาการดำเนินงานประสบกับปัญหาและอุปสรรคหลายด้าน ดังนี้
๑) ด้านปรัชญา และธรรมชาติของศาสตร์ที่แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง ระหว่างศาสตร์ทางด้านวิทยาศาสตร์และศาสตร์ของเทคโนโลยีและอุตสาหกรรม ซึ่งสะท้อนให้เห็นได้โดยชัดเจนจาก บุคลิกภาพ วิธีการมองปัญหา ตรรกะและกระบวนการคิด ทั้งของบุคลากรและนักศึกษา ส่งผลให้เกิดปัญหาและอุปสรรคในการดำเนินงาน เช่น การบูรณาการกิจกรรมของนักศึกษาที่จะทำให้เกิดเอกภาพและอัตลักษณ์
๒) ด้านภาพลักษณ์ขององค์กรและบุคลากรในหน่วยงาน โดยความเป็นศาสตร์ทางด้านเทคโนโลยีและอุตสาหกรรมที่อยู่ภายใต้ชื่อวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มิได้แสดงถึงอัตลักษณ์ของวิชาชีพเฉพาะอย่างชัดเจน ทำให้องค์กรและบุคลากรมีภาพลักษณ์ที่ไม่น่าเชื่อถือ ส่งผลให้เสียโอกาสในการหารายได้เข้าสู่องค์กร เช่นการรับทุนสนับสนุนวิจัย และการเป็นที่ปรึกษาและการบริการวิชาการให้แก่สถานประกอบการ และหน่วยงานภายนอก กระทบต่อการขอรับทุนสนับสนุนเพื่อพัฒนาการวิจัยในศาสตร์ของอุตสาหกรรมและเทคโนโลยีขึ้นสูง
๓) ด้านการประชาสัมพันธ์ เนื่องจากการดำเนินงานภายใต้ชื่อคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ไม่ได้มีอัตลักษณ์ชัดเจนเพียงพอที่จะสื่อถึงหลักสูตรที่ทำการเรียนการสอนในคณะฯ โดยเฉพาะหลักสูตรที่เป็นวิชาชีพเฉพาะสายอุตสาหกรรมการผลิต และวิศวกรรมศาสตร์ ส่งผลให้เกิดอุปสรรคในการประชาสัมพันธ์ ทั้งการรับสมัครนักศึกษาใหม่
๔) ด้านโอกาสในการพัฒนาการเรียนการสอนให้กับนักศึกษาในวิชาเฉพาะด้านสู่ความเข้มข้นทางวิชาชีพ พบว่าบัณฑิตประสบปัญหาในการศึกษาภายใต้ศาสตร์ของวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ขาดโอกาสในการรับการปูพื้นฐานทางที่เหมาะสมกับสายวิชาชีพทางอุตสาหกรรม เนื่องจากนิสิตต้องเรียนในรายวิชาพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ซึ่งเนื้อหามีความเป็นวิทยาศาสตร์บริสุทธิ์ ถือได้ว่าเป็นอุปสรรคต่อการทำความเข้าใจและการไปประยุกต์ใช้กับการทำงาน
๕) ด้านโอกาสในการมีงานทำของนักศึกษา พบว่าบัณฑิตสายเทคโนโลยีและอุตสาหกรรมประสบกับปัญหาการได้รับการยอมรับ และมีความยากลำบากในการทำความเข้าใจกับสถานประกอบการ ถึงความสอดคล้องของคุณวุฒิและคณะวิชาที่สำเร็จการศึกษามา
คณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยีอุตสาหกรรม เปิดสอนในระดับปริญญาตรี แบ่งส่วนราชการเป็นภาควิชา ๓ ภาควิชา และมีหลักสูตรทั้งหมด ๙ หลักสูตร ดังนี้
๑. ภาควิชาอุตสาหกรรมอาหาร
๑.๑ หลักสูตรการประกอบและบริการอาหาร
๒. ภาควิชาเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
๒.๑ หลักสูตรเทคโนโลยีอุตสาหกรรม
๒.๒ หลักสูตรเทคโนโลยีการจัดการอุตสาหกรรม(ต่อเนื่อง)
๒.๓ หลักสูตรเทคโนโลยีโลจิสติกส์
๒.๔ หลักสูตรการจัดการวิศวกรรมการผลิตและโลจิสติกส์
๒.๕ หลักสูตรออกแบบและพัฒนาผลิตภัณฑ์
๓. ภาควิชาวิศวกรรมศาสตร์
๓.๑ หลักสูตรวิศวกรรมไฟฟ้าและระบบควบคุมอัตโนมัติ
๓.๒ หลักสูตรวิศวกรรมอุตสาหการและการจัดการโซ่อุปทาน
๓.๓ หลักสูตรวิศวกรรมพลังงาน